L'esame ecografico 2D (bidimensionale) viene utilizzato per valutare la funzione delle ovaie e dell'utero. Per valutare la funzione delle ovaie, l'ecografia è prevista per i primi giorni del ciclo mestruale (giorni 3-5). In questi giorni, tutti i follicoli ovarici (sacche fluide in cui si sviluppano e maturano gli ovociti) sono piccoli (2-5 mm di diametro), il che consente di determinarne il numero in ciascuna ovaia con maggiore precisione rispetto a metà ciclo, quando il follicolo dominante (quello che rilascerà l'ovocita durante l'ovulazione) può nascondere quelli più piccoli. È proprio il numero di piccoli follicoli che informa il medico della riserva ovarica dei follicoli, da cui dipende il numero di ovociti che si possono ottenere dal pik-up ovarico dopo stimolazione ormonale.
Al contrario, per una valutazione dell'endometrio (la mucosa che riveste l'interno dell'utero) l'esame ecografico effettuato poco prima dell'ovulazione, o pochi giorni dopo, può essere più informativo riguardo alla crescita dell'endometrio nella fase proliferativa e alla sua trasformazione secretoria. Vengono valutate le dimensioni dell'utero, la sua forma e posizione, lo spessore dell'endometrio e il suo aspetto morfologico. Vengono ricercati fibromi e cisti e, se presenti, vengono determinate le loro dimensioni e posizione. Queste informazioni sono utili per valutare le possibilità di trattamento se si sospetta che queste formazioni possano impedire lo sviluppo di una gravidanza.
In caso di anomalie morfologiche dell'utero, rilevate o sospette durante l'esame ecografico 2D, un esame ecografico 3D (tridimensionale) può fornire informazioni più accurate e affinare la conclusione diagnostica.